如果您的日本签证已经超期，可以采取以下几种方法处理：
如果您准备参加大学院考试或进入大学院学习，可以通过所在大学的教授出具书面材料，请求入管给予签证方面的协助，可能会获得3个月的短期滞在签证。
如果有公司出具面试通知的材料，您可以以就职面试为由申请短期滞在签证。
如果您已经大学毕业，可以先到某个大学办理研究生入学手续，然后更新留学签证。在找到工作后，您可以将签证变更成就职签证。
需要准备的材料包括：在留期间更新许可申请书、校方签发的在学证明或录取通知书、前一学期的出席率或成绩单的证明、保证人证明（包括在职证明书和所得证明书）、申请表格和申请理由书。
递交材料后，需要缴纳相应的费用，然后等待入国管理局审核并发放新的签证。
如果您还没想清楚今后是否还要再回日本，可以先去延长签证，并办理多次往返的再入国手续，然后才能离境。
如果您因没有办理在留期间的延长或在留资格的变更手续而导致签证过期，将被视为“非法逗留者”。在留期间的延长可以在到期的2个月前开始申请，所以应尽早办理申请手续。
如果您发现自己处于逾期滞留的状态，建议赶紧寻找行政书士或者律师等专家商量，以便妥善处理。
建议
尽早处理：签证超期后，应尽早准备相关材料并递交申请，以避免进一步的麻烦。
诚实申请：确保提交的材料真实有效，避免因材料不实而导致申请失败。
咨询专家：在处理复杂签证问题时，寻求专业人士的帮助可以更有效地解决问题。