菜市场通常由国家工商行政管理部门管理，也就是工商局。工商行政管理局是负责市场监管和行政执法的政府部门。根据《国务院关于机构设置的通知》，国家工商行政管理总局是正部级机构，属于国务院直属机构。
工商局的主要职责包括：
1. 负责市场监督管理和行政执法的相关工作；
2. 起草有关法律法规草案，制定工商行政管理规章和政策；
3. 负责各类企业、农民专业合作社和从事经营活动的单位、个人以及外国（地区）企业常驻代表机构等市场主体的登记注册并监督管理；
4. 承担依法查处取缔无照经营的责任；
5. 维护市场秩序，提供监督管理市场交易行为和网络商品交易的相关服务。
此外，部分地方农贸市场可能还会由地方政府的市场监管、城管、卫生等部门共同管理和监管