自组织是指一个系统内部无需外部指令，通过系统内部个体或组件之间的相互作用和适应性调整，自行形成有序结构或行为的过程。这种组织方式与传统的中央化指挥和控制的组织方式不同，它更加灵活、适应性强，并能应对复杂的环境变化和挑战。自组织系统具有自我修复和自我优化的能力，能够从简单状态向复杂状态发展，提高自身的复杂度和精细度。
自组织现象在自然界和社会科学中都非常普遍，例如，在生物学中，蚂蚁等社会性昆虫能够通过自组织合作完成复杂的任务；在社会科学中，自组织也被看作是自发秩序，是系统内部各部分相互作用产生整体秩序的过程。
自组织理论是20世纪60年代末期开始建立并发展起来的一种系统理论，它研究的是复杂自组织系统（如生命系统、社会系统）的形成和发展机制。自组织理论包含耗散结构理论、协同学、突变论等组成部分